Полноэкзомное секвенирование генов BRCA1, BRCA2, генов HRR и генов наследственной предрасположенности к онкологическим заболеваниям (637 генов) методом NGS. - раздела Геномное и экзомное секвенирование методом NGS

AL-N-29 – Полноэкзомное секвенирование генов BRCA1, BRCA2, генов HRR и генов наследственной предрасположенности к онкологическим заболеваниям (637 генов) методом NGS

Секвенирование нового поколения, NGS (next generation sequencing) – это технология массового параллельного секвенирования ДНК. В ходе исследования молекула ДНК разбивается на небольшие фрагменты, сотни тысяч таких фрагментов могут секвенироваться параллельно, полученные данные от каждого фрагмента выравниваются в соответствии с референсным геномом. Такой подход обеспечивает высокую скорость и пропускную способность метода.

Гены HRR – это группа генов, продукты которых участвуют в процессе репарации ДНК путем гомологичной рекомбинации. Дефекты в этих генах могут приводить к нарушению репарации ДНК, увеличению геномной нестабильности и развитию рака. Наиболее известны гены: BRCA1, BARD1, CHEK1, PALB2, RAD51C, BRCA2, BRIP1, CHEK2, PPP2R2A, RAD51D, ATM, CDK12, FANCL, RAD51B, RAD54L.

Наследственные мутации в генах HRR обусловливают наследственные опухолевые синдромы, при которых из поколения в поколение передаётся предрасположенность к тому или иному виду рака. Если в результате исследования выявлены мутации в генах HRR, то следует пройти генетическое консультирование. Также генетическое консультирование и таргетное тестирование можно рекомендовать другим членам семьи.

Патогенные варианты в генах BRCA1 и BRCA2 связаны с наследственной формой рака молочной железы и яичников. Патологический генотип BRCA1/2 также повышает риск возникновения рака желудка, толстой кишки, эндометрия, поджелудочной железы, мочевого пузыря, опухолей головы и шеи, желчевыводящих путей, а также возникновения меланомы.

Метод NGS позволяет прочитать все кодирующие участки генов BRCA1, BRCA2, генов HRR, других генов, ассоциированных с раком (всего 637 генов) и детектировать тысячи возможных патогенных вариантов (в отличие от метода ПЦР, которым исследуются лишь часто встречающиеся варианты). Таким образом, NGS-метод — один из наиболее точных методов диагностики наследственных форм онкологических заболеваний.

Показаниями к проведению исследования могут служить:
- Отягощенный семейный анамнез по онкологическому заболеванию или уже установленный диагноз;
- Первично-множественный рак или молодой возраст начала конкретного онкологического заболевания;
- Оценка риска развития наследственных онкологических синдромов.

Ограничения метода:
- Делеции и инсерции длиной более 40 п.о. и менее 1000 п.о.;
- Варианты, связанные с экспансией коротких повторов;
- Варианты изменения числа нуклеотидов в гомополимерных регионах длиной более 10 п.о.;
- Варианты в интронах (за исключением канонических сайтов сплайсинга);
- Варианты в генах, имеющих псевдогены;
- Мозаичные варианты;
- Хромосомные нарушения: полиплоидии, анеуплоидии, инверсии, транслокации;
- Эпигенетические модификации.

Рекомендуется использовать альтернативные методы секвенирования для проверки всех патогенных мутаций, найденных методом NGS.

Взятие образцов венозной крови для исследования ДНК может производиться в любое время суток, прием пищи или специальная диета не повлияют на результат.

• переливание крови или трансплантация костного мозга, которые проводились в недавнем времени (в данном случае исследование ДНК не рекомендуется проводить в течение, как минимум, 1 месяца после трансплантации или переливания крови);
• контаминация образца чужим генетическим материалом (например, при взятии и транспортировке), поэтому все манипуляции с образцами биологического материала рекомендуется проводить в стерильных перчатках.

Венозная кровь

Тип пробирки: Вакуумная пробирка с ЭДТА

Минимальный объем биологического материала: 2 мл (допускается прием пробирок объемом 4-6 мл)

Процедура взятия биологического материала:

Взятие крови осуществляют из вены в положении пациента сидя или лежа. Кровь должна поступать свободным током непосредственно в вакуумную пробирку с ЭДТА (фиолетовая крышка). После взятия крови пробирку следует плавно перевернуть 5-10 раз для перемешивания с антикоагулянтом.

Центрифугирование: не требуется

Условия хранения: хранение биологического материала следует осуществлять при температуре +2…+8°С (допускается накапливание биоматериала в заданном температурном режиме до 7 календарных дней). При более длительном хранении кровь необходимо заморозить при температуре -18…-23°С

Условия транспортировки: Транспортировку биологического материала следует осуществлять при температуре +2…+8°С в специальном термоконтейнере с хладагентом (синяя коробка). Замороженный биоматериал – при температуре -18…-23°С в специальном термоконтейнере с хладагентом (красная коробка).

Не рекомендуется проводить повторное замораживание – оттаивание образцов