Полноэкзомное секвенирование (покрытие 100х) с интерпретацией методом NGS - раздела Геномное и экзомное секвенирование методом NGS

Секвенирование нового поколения, NGS (next generation sequencing) – это технология массового параллельного секвенирования ДНК. В ходе исследования молекула ДНК разбивается на небольшие фрагменты, сотни тысяч таких фрагментов могут секвенироваться параллельно, полученные данные от каждого фрагмента выравниваются в соответствии с референсным геномом. Такой подход обеспечивает высокую скорость и пропускную способность метода.

Метод NGS позволяет прочитать все кодирующие участки генов (экзоны) и детектировать тысячи возможных патогенных вариантов (в отличие от метода ПЦР, которым исследуются лишь часто встречающиеся варианты). Таким образом, NGS-метод — один из наиболее точных методов диагностики наследственных заболеваний.

Полученные данные проходят биоинформатическую обработку и медико-генетическую интерпретацию с оценкой клинической значимости выявленных вариантов на основании современных международных баз данных, научных публикаций и рекомендаций по классификации генетических вариантов.

Показаниями к проведению исследования могут служить:

• подозрение на наследственное заболевание при наличии врождённых пороков развития, множественных аномалий, задержки психомоторного, речевого или интеллектуального развития, расстройств аутистического спектра, эпилепсии, неврологических, мышечных, метаболических, эндокринных, кардиологических и других нарушений неустановленной этиологии;
• клинически и генетически гетерогенные заболевания, при которых невозможно определить конкретный ген-кандидат для проведения целевого молекулярно-генетического исследования;
• неустановленная причина заболевания при наличии сходных или родственных клинических проявлений у нескольких членов семьи, раннем возрасте дебюта или предполагаемом наследственном характере заболевания;
• неустановленная причина заболевания при наличии сходных клинических проявлений у нескольких членов семьи, признаках, указывающих на возможную генетическую природу заболевания;
• выявление носительства патогенных и вероятно патогенных вариантов, связанных с развитием аутосомно-рецессивных наследственных заболеваний, в том числе при планировании беременности и оценке репродуктивных рисков;
• отягощенный семейный анамнез по онкологическому заболеванию или уже установленный диагноз;
• первично-множественные злокачественные новообразования или молодой возраст их возникновения, характерные для возможного наследственного опухолевого синдрома;
• оценка риска развития наследственных заболеваний, в том числе онкологических синдромов, в отсутствии клинических проявлений или истории семейного анамнеза.

Ограничения метода:

• Делеции и инсерции длиной более 40 п.о. и менее 1000 п.о.;
• Варианты, связанные с экспансией коротких повторов;
• Варианты изменения числа нуклеотидов в гомополимерных регионах длиной более 10 п.о.;
• Варианты в интронах (за исключением канонических сайтов сплайсинга);
• Варианты в генах, имеющих псевдогены;
• Мозаичные варианты;
• Хромосомные нарушения: полиплоидии, анеуплоидии, инверсии, транслокации;
• Эпигенетические модификации.

Рекомендуется использовать альтернативные методы секвенирования для проверки всех патогенных мутаций, найденных методом NGS.