Определение мутаций в гене c-KIT (exon 9, 11, 13, 17) и гене PDGFR (exon 12, 18) - раздела Молекулярно-генетические исследования в области онкологии

Панель для выявления соматических мутаций в генах C-KIT, PDGFRА для выбора тактики лечения при ГИСО на основании клинических рекомендации МЗ РФ КР551 2018

Более чем 90 % случаев ГИСО ассоциированы с KIT-мутациями и лучше отвечают на терапию Ингибиторами тирозинкиназы. В CD117 и/или DOG1 негативных опухолях анализ мутационного статуса генов KIT (экзоны 9,11,13 и 17) и PDGFRА (12, 14 и 18) может подтвердить диагноз ГИСО. Наиболее высокая эффективность иматиниба отмечена при ГИСО с мутациями в 11 экзоне KIT с частотой ответов на лечение до 70–85 % случаев. Из них частота полных и частичных регрессий составила 68 %, стабилизация болезни — 16 %, медиана времени до прогрессирования 20–24 месяцев. Меньшая эффективность наблюдалась при ГИСО с дупликациями в 9 экзоне KIT и диким типом KIT и PDGFRA с частотой ответов до 48–50 %. У больных ГИСО с мутациями в 9 экзоне KIT рекомендована стандартная дозировки 800 мг в сутки.

При мутации D842V гена PDGFRA лечение иматинибом не рекомендовано, поскольку препарат не эффективен. Отсутствие эффекта терапии иматинибом отмечается и при других мутациях в тирозинкиназных доменах 13 и 17 экзонов KIT и 14 и 18 экзонов PDGFRA. Однако эти мутации в первичных опухолях встречаются крайне редко. Они, как правило, развиваются на фоне лечения ТКИ и приводят к развитию вторичной резистентности к препарату.

Для исследования ДНК используется предварительно подготовленный биологический материал (парафиновый блок с образцом ткани).

Непригодные для исследований образцы, приготовленные с использованием фиксаторов: Зенкера, Карнуа, Буэна, В-5, а также обработанные кислыми растворами, декальцифицирующими костную ткань.

По возможности образцы, предназначенные для выделения ДНК/РНК, не окрашивать (допустима окраска только крезилвиолетом).

Обращаем внимание, что на результаты исследования ДНК могут повлиять следующие факторы:

• в случае недостаточного объема пораженной ткани во взятом образце может быть получен ложноотрицательный результат;
• переливание крови или трансплантация костного мозга, стволовых клеток, органов и тканей, которые проводились в недавнем времени (в данном случае исследование ДНК не рекомендуется проводить в течение, как минимум, 1 месяца после трансплантации или переливания крови);
  
• контаминация образца чужим генетическим материалом (все манипуляции с образцами биологического материала рекомендуется проводить в стерильных перчатках)
  

Для выполнения данного исследования используются образцы ткани, зафиксированные в формалине и заключенные в парафиновый блок

Толщина образца

Оптимальная толщина образца ткани не должна превышать 5 мм

Заливка и фиксация биологического материала

Фиксацию препарата проводить при температуре +4...+10 °С, используя буферный раствор формалина. Процесс фиксации не должен превышать 24 часов (при фиксации ткани в течение 72 часов образуются необратимые сшивки в нуклеиновых кислотах, которые осложняют дальнейшие исследование ДНК/РНК). Соотношение количества формалина к ткани должно быть 10:1. Перед заливкой ткани в парафин нужно убедиться, что образец полностью обезвожен (остаточная вода может вызвать деградацию ДНК/РНК). Для заливки использовать парафин с низкой температурой плавления без примесей.

• По возможности образцы, предназначенные для выделения ДНК/РНК, не окрашивать (допустима окраска только крезилвиолетом).

• Непригодны для исследований образцы, приготовленные с использованием фиксаторов: Зенкера, Карнуа, Буэна, В-5, а также обработанные кислыми растворами, декальцифицирующими костную ткань.

Маркировка

На этикетке должна быть четко и разборчиво нанесена следующая информация, идентифицирующая образец биологического материала:

• фамилия, имя, отчество пациента;

• пол и возраст пациента;

• индивидуальный штрих-код пациента медицинского учреждения, если таковой имеется

Условия хранения

Парафинизированные образцы хранить в течение года при температуре от 0 до +10 °С (допустимо хранение при температуре +10 до +25°С) в специальном контейнере, предотвращающем попадание влаги и механические повреждения, при условии отсутствия попадания прямых солнечных лучей

Условия транспортировки

Транспортировку БМ следует осуществлять при температуре, соответствующей температуре хранения образца, в специальном контейнере, предотвращающем попадание влаги и механические повреждения, при условии отсутствия попадания прямых солнечных лучей

ВНИМАНИЕ!

Во избежание неопределенного результата генетические исследования не проводятся:

• после пересадки костного мозга, стволовых клеток, органов и тканей;
• после процедуры переливания крови в течение 3-х месяцев после проведения процедуры.